L’École Centrale de Nantes porte l’ambition ligérienne avec l’Institut de calcul intensif

"Le calcul numérique intensif est un outil indispensable pour la recherche et l’industrie : il permet de réduire les essais, facilite l’optimisation et favorise la créativité et l’exploration de nouvelles solutions. Les moyens de calcul sont aussi un indicateur de la recherche et du développement d’une région, d’une nation.
Le supercalculateur, installé dès 2014 à Centrale Nantes dans le cadre du projet ICI – Institut de calcul intensif - constituera à terme l’un des centres régionaux français les plus puissants avec des niveaux de précision non encore atteints : il rassemblera rapidement 5 000 cœurs de calcul, avec pour ambition de doubler cette capacité.
Autour de ce projet, une équipe composée de spécialistes du calcul intensif, reconnus internationalement, a été rassemblée depuis trois mois avec l'ambition de créer un centre de ressources, de recherche et de compétences. Les logiciels de simulation implantés sur ce calculateur permettront d’améliorer le rendement des parcs éoliens terrestre ou offshore mais aussi d’étudier la dispersion de la pollution dans les villes, le comportement des matériaux composites, le fonctionnement des moteurs et turbines ou encore de simuler et traiter des données géographiques massives. L’IRT Jules Verne, qui soutient fortement ce projet, devrait ainsi bénéficier avec ses partenaires d’une puissance de calcul à la hauteur de ses ambitions pour chacune de ses filières : transports terrestres, aéronautique, construction navale et énergie. Il permettra aux industriels nationaux et régionaux d’accélérer leur processus de conception tout en optimisant significativement leurs produits."

Vidéo. Voir l’interview de Didier Coupez : https://www.youtube.com/embed/19roJEhhDJ8

« La création de la filière ISOTOP4LIFE, soutenue par la Région des Pays de la Loire et Atlanpôle, a permis de fédérer les acteurs ligériens du nucléaire santé - groupes de recherche et industriels - autour de quatre offres : production de radioéléments et produits dérivés ; validation préclinique et clinique ; service de R&D en outils diagnostics et thérapeutiques ; offre de formation, d’échanges et d’ateliers à l’échelle internationale.
L’objet de la réponse à l’appel à projets «ConnectTalent» est de compléter l’expertise de cette filière
avec la création à Nantes, d’ici à trois ans, d’un centre de production de radiopharmaceutiques pour une distribution européenne.
«La Fabrique» entend s’appuyer sur des acteurs industriels et académiques reconnus dans leur domaine pour devenir un site d’excellence en matière de médecine nucléaire : en offrant une capacité de production industrielle, en incitant les acteurs économiques à aller plus loin dans l’innovation technologique, etc. À cet effet, au sein de la Fabrique, «l’Academic corner» aura un rôle crucial d’accueil de l’innovation pour faciliter le transfert des produits issus de la recherche vers l’industrie. Ce site de maturation sera complété par un espace de formation, en condition réelle de production pharmaceutique, grâce à des automates de synthèse mis à disposition par les acteurs industriels. Cinq entreprises ont d’ores et déjà manifesté leur intérêt.
Avec tous les acteurs présents à Nantes dont l’équipe du Pr. Michel Chérel, co-porteur du projet, c’est la possibilité de créer un pôle nucléaire santé sans équivalent en Europe ».

Étienne Bucher, chercheur généticien à l’Institut botanique de Bâle, a rejoint les équipes de l’Institut de recherche en horticulture et semences à Angers le 1er septembre 2014. Objectif : la création d’un centre
spécialisé en épigénétique.

« L’épigénétique constitue une découverte majeure de ces dix dernières années. Non seulement les plantes se transmettent un ADN d’une génération à l’autre, mais en plus elles se transmettent une mémoire : des informations sur la réaction à une bactérie, à un pathogène, etc., transmises à la génération suivante, qui est alors mieux préparée à réagir. Pour l’instant, tout cela a été très bien décrit pour des plantes annuelles - le maïs, le riz - mais on ne connaît encore rien sur les plantes pérennes comme les rosiers ou les pommiers, qui constituent l’objet du projet «Epicenter».

Avec l’intégration de mes compétences en épigénétique au sein de l’IRHS, nous avons l’ambition de créer à Angers un centre d’expertise, capable de comprendre, sécuriser et contrôler la floraison des plantes. C’est-à-dire obtenir des plantes plus résistantes aux pathogènes, avec une croissance et une date de floraison optimisée. Un axe essentiel pour les producteurs et l’économie ligérienne, quand on sait, par exemple, que 20 % des pommes consommées en France sont produites en Pays de la Loire.

Les expériences et manipulations vont ainsi démarrer dès octobre 2014, et un épigénome va être créé, avec l’espoir d’obtenir des premiers résultats dans un an grâce à la mobilisation d’une équipe de sept chercheurs. Si ce centre s’intéressera en premier lieu au végétal, avec des recherches qui pourront être étendues aux vignes, on peut imaginer par la suite des projets collaboratifs en interaction avec la santé, notamment dans la lutte contre le cancer ».

Vidéo. Voir l’interview d'Étienne Bucher : www.youtube.com/embed/ZPdqLDm-930

« En poste depuis début janvier 2015 à l’Université d’Angers, biologiste cellulaire et spécialiste de médecine mitochondriale, j’ai pour ambition de faire d'Angers un pôle d’excellence de recherche et d’enseignement transdisciplinaire, intitulé « PREMMi », centré sur les maladies mitochondriales (Alzheimer, cardio-vasculaire, cancer…), en m'associant avec les équipes de recherche existantes sur les sites angevins et nantais en santé (BNMI, Sopam, CRCINA) et en végétal (Sonas, IRHS) déjà en place, et grâce au soutien financier des collectivités territoriales. Ce pôle unique en France a une vocation européenne voire internationale, en connexion étroite avec les grands centres mitochondriaux internationaux comme ceux de Bologne, de Philadelphie et de Newcastle.

Accompagné d’une équipe de dix personnes, l’enjeu du projet est ainsi de créer une dynamique scientifique dans la région en regroupant les forces en présence travaillant sur la mitochondrie afin de faire émerger un pôle de taille internationale sous la forme d’un consortium de médecine mitochondriale. Le CHU d’Angers est impliqué grâce à un processus original d'interactions "patients/paillasse/patients" en lien avec les nombreuses cohortes de patients recrutés au CHU et les associations de patients ».

Après quatre années à la direction d’une équipe de recherche de l’Institut Cochin à Paris, Julie Gavard, chargée de recherche CNRS rejoint le centre de recherche en cancérologie de Nantes Angers en septembre 2015. Elle est accompagnée notamment par Nicolas Bidéré, chargé de recherche à l’Inserm pour former une nouvelle équipe venant renforcer l’axe « oncogenèse et thérapies ciblées », majeur au CRCNA. Son arrivée vient  renforcer l’excellence du CRCNA dans le domaine de la cancérologie et contribue au développement de la recherche en santé ainsi qu’à son rayonnement au-delà des frontières.

« Mes travaux de recherche portent sur les propriétés d’adhérence de cellules cancéreuses. Le nouveau programme de recherche que je mène est principalement centré sur l’étude de la communication entre cellules vasculaires et cellules cancéreuses à caractère souche au sein des tumeurs cérébrales. Le projet allie des approches de criblage à grande échelle (transcriptomique, protéomique et chimique) à l’étude in vitro, puis la validation in vivo chez la souris, des mécanismes moléculaires en jeu pendant le processus de développement tumoral. Les développements seront par ailleurs profitables à l’étude des autres cancers étudiés au sein du CRCINA. Ce projet s’intègre parfaitement aux thématiques de recherche du CRCINA qui m’apporte un environnement riche et adapté au sein de la structure fédérative de recherche en santé de Nantes ».

« PPMT », pour une médecine personnalisée pionnière en transplantation humaine

Le généticien et bioinformaticien Pierre-Antoine Gourraud, expert reconnu dans son domaine, quitte son laboratoire en Californie pour venir s’installer à Nantes en septembre prochain. Il se place au carrefour de l’immunologie, de la génétique et du traitement de l’information en santé. Aux Etats-Unis, il a développé à partir des recherches en génétique sur la sclérose en plaques notamment, une approche unique de médecine personnalisée pour les maladies complexes. Il est accueilli à l’Institut Transplantation Urologie Néphrologie (ITUN), centre de recherche en transplantation et immunologie.

« Les recherches que je mène au département de neurologie de l’école de médecine de l’Université de Californie de San Francisco (UCSF) portent sur une application de traitement de données cliniques et biologiques pour des patients atteints de maladies complexes telles que la sclérose en plaques (maladie chronique et incurable affectant le système nerveux). Le développement de modèles mathématiques permet une meilleure compréhension des processus biologiques induisant les maladies complexes. Ce projet va permettre des avancées en médecine prédictive et personnalisée pour les maladies complexes (diabète, obésité, cardio-vasculaires, auto-immunes, neurodégénératives) et s’étendre à d’autres domaines tel celui de la transplantation ».

Vidéo. Voir l’interview de Pierre Antoine Gourraud : https://www.youtube.com/embed/whQLyLYjIq0

Le projet ODE est un projet de chaire internationale portant sur l’utilisation des « diagnostics optiques » pour l’optimisation de systèmes de production d’énergie.  Patrizio Massoli, chercheur de l’Instituto Motori à Naples, expert internationalement reconnu dans le domaine des diagnostics optiques, rejoint le laboratoire de thermocinétique de Nantes, « LTN », basé à Nantes. P Massoli est référent auprès de l’Europe sur les questions relatives aux bioénergies et aux technologies énergétiques à faible émissions de carbone ; il a par ailleurs une très forte expérience des collaborations industrielles.

Le « LTN » est spécialiste des écoulements complexes et de l’optimisation des systèmes énergétiques.  Il a eu un rôle leader dans les deux premiers programmes régionaux « PERLE » (pôle émergent puis d’excellence pour la recherche ligérienne en énergie – 2007-2014) et est à l’initiative de la création du groupement d’intérêt scientifique PERLE permettant notamment d’encourager les collaborations public privé dans ce domaine. Le « LTN » et Patrizio Massoli collaborent depuis 2011, collaboration fructueuse qui a donné lieu à la publication de nombreux articles dans des journaux internationaux, ainsi que des conférences internationales et des actes de congrès.

Cette collaboration ambitieuse entre Patrizio Massoli, son groupe de quatre chercheurs à Naples et des chercheurs ligériens (principalement du « LTN » mais aussi du « GEPEA » – génie des procédés environnement agroalimentaire) va aboutir à l’acquisition d’une double compétence à la fois dans le domaine des écoulements complexes et de celui du diagnostic optique.

Le but du projet est de développer une thérapie génique innovante et de pointe pour le traitement de la dystrophie rétinienne congénitale. Carolina Isiegas, chercheuse académique expérimentée avec une expertise acquise dans industrie en développement de biothérapies pour maladies de la rétine va prendre la tête de l’équipe « thérapies géniques de la rétine » de l’UMR 1089. Cette équipe, créée il y a quatorze ans, leader international sur le sujet, mène des recherches sur le transfert de gènes dans la rétine et la thérapie génique pour dystrophies rétiniennes. L’arrivée de la chercheuse va permettre de renforcer cette thématique de recherche.

"La grande diversité et l'hétérogénéité des dégénérescences rétiniennes héréditaires pose des défis importants pour le développement de stratégies thérapeutiques et la compréhension des mécanismes sous-jacents et la physiopathologie. Je propose d'enquêter sur de multiples approches de thérapie génique pour augmenter les chances de succès dans le développement de nouvelles thérapies géniques rétiniennes. Un autre objectif clé est de développer de nouveaux modèles animaux qui se rapprochent le plus possible de ceux de l’humain afin d'étudier les mécanismes de la maladie et tester l'efficacité de thérapies géniques potentielles. Les connaissances acquises dans le domaine de la rétine pourront par ailleurs contribuer à améliorer les applications inter- et transdisciplinaires en recherche biologique et biomédicale, ainsi qu’en biotechnologie et en agriculture ".